左足の付け根と中足骨辺りが痛い、レントゲン異常無し、MRI検査は必要？

中足骨痛症（Metatarsalgia）という状態なのではないでしょうか。
足には「縦アーチ」と「横アーチ」があります。縦アーチとはいわゆる「土踏まず」のことを指し、一方、横アーチとは足を前から見たときに足指の付け根がつくるアーチのことを言います。この横アーチによって足の母趾と第5趾の付け根が最下点となり、踵を含めた3点で足は体重を支えることになります。
横アーチにはかなり個人差があり、中央の第3趾だけ下がっていたり、平坦だったり、船底のような逆アーチのようになっていたりすることがあります。このような場合、本来体重を支えるべきでないところで体重を支えるため、その部位に疼痛が生じ、時に有痛性胼胝（タコ）をつくることもあります。これが中足痛症（Metatarsalgia）という状態です。
初めに足のアーチを支えるインソール（アーチサポート）を使用して保存的に加療を行います。インソールで症状が改善しない場合には、手術によって正常な横アーチを形成することで、症状を軽減させることが行われる場合もあります。

診断が正しく、形態的に異常のない一般的な中足骨骨頭痛ならば、その原因は足指の筋力低下にあります。歩行時に足指を使わずに、中足骨頭で全荷重を受けて歩くから痛むのです。足指を強化して、踏み返すときに足指で蹴り出すように意識できるようになると痛みは軽減すると思います。リハビリですね。

モートン病という足趾付け根での神経の圧迫による痛みということもあるかもしれません。
この場合インソールなども有効ということもあります。
リハビリなども効果がある場合もありますが改善しない場合はMRIでも検査をしていただくとよいと思います。

瘡蓋ということは打撲などがあったのでしょうか？打撲によるものなら、MRIで精査していただくことをお勧めします。

疲労骨折や、モートン病なども考えられます。
MRI評価をされてもいいと思います。

靴が合っていないとか、偏平足気味などがあるのかもしれません。この場合、靴の中敷き等での調節になるのではないかと思いますが、別の整形外科での相談も考えてみてください。