胃カメラはピロリ菌陰性なのに除菌？同時に見つかった腸上皮化生は癌化しますか？

迅速ウレアーゼ試験など、他のピロリ菌検査は行っていないのでしょうか？
血液による抗体検査はあくまでピロリ菌に対する免疫をみるもので、現時点で感染している事を証明するものではありませんし、疑陽性ももちろんあります。
生検は、広い胃のほんの一部を調べるだけなので、それだけで陰性と決めつけることもできません。

ただ、腸上皮化生はピロリ菌感染で起こりやすい変化です。

消化器外科医です。
検出されないのに除菌をしたのはなぜなのでしょうか？そもそも血液検査が偽陽性だった可能性もあるのでしょうか？
→ピロリ菌は、胃の生検検体だと、たまたまその部位に菌がいないこともあります。抗体検査が擬陽性であった可能性はあり得ますが、通常は陽性と考えると思います。
また、腸上皮化生（完全型）とありますが、これは幽門部に1箇所だけ膨らんだところがあったのですが、これは将来的に癌化リスクがあるものですか？→基本的にはありません。

ピロリ菌について血液検査は過去感染でも陽性になります。病理は陰性でしたが、偽陰性のこともあるため、医師は除菌しておいた方がよいと判断したと思います。
腸上皮化生について胃がんリスクをゼロにはできませんが、完全型は比較的リスクが低いタイプです。定期的に胃カメラを受ければ大きな心配はいらないと思います。
幽門部の膨らみは炎症や化生による変化で、現時点で癌の所見はないです。
どうかお大事になさってください。

そもそも血液検査が偽陽性だった可能性もあるのでしょうか？とのことですが、可能性は０ではないと思いますが、生検でピロリを認めなくても、ごく一部しか見ていませんので、いないとは言えません、腸上皮化生（完全型）がリスクが高いということはないと思います

胃カメラにてピロリ菌は検出されないとあるのですが、検出されないのに除菌をしたのはなぜなのでしょうか？
→ご心配ならもっと精度の高い尿素呼気試験や便検査で確認をされてみてもいいと思います。

ピロリ菌は胃の中で満遍なく存在しているわけではないため、実は存在しても生検組織で陰性であることはあり得ます。
幽門部の膨らんだところは、特にそこが癌化リスクが高いわけではありません。